El argumento está basado en los episodios del 1 al 6 de la serie original. Aunque algunas situaciones se muestran de diferente forma, tales como ángulos de cámara, historias alternativas, etc. Shinji Ikari llega a Tokio-3, buscado por su padre Gendo. A su llegada, se encuentra con ejercito de la ONU tratando de detener al cuarto Angel (el tercero en la versión original), Sachiel. Rescatado por Misato Katsuragi, Shinji llega a los cuarteles generales de NERV donde se reencontrará con su padre Gendo (Supremo Comandante de NERV), con la amenaza de que si no pilotaba el EVA-01 para luchar contra Sachiel, la misteriosa Rei Ayanami, que se encontraba en malas condiciones, sería enviada a pelear; por lo que acepta. Después de la primera batalla, en la que salió victorioso, Misato lo lleva a su casa para que viva con ella, vaya a la escuela y trate de tener una vida normal. Tras todo esto comienzan a aparecer nuevos ángeles.In the dark forests where the beasts roam is where one of these expert hunters, Koshi, rescues Touko from an attack by one of the creatures. But their meeting was not coincidental and he sets in motion a new destiny.
